ホームディレクトリの windows.txt は Windows形式(行末が CR+LF)のテキストです。行末の復帰文字(CR)を取り除いたものを、ホームディレクトリの unix.txt に保存してください。windows.txt はそのまま残してください。
tr -d '\r' < windows.txt > unix.txt
tr は、標準入力の文字を置き換えたり(tr a-z A-Z)、-d で削除したりするフィルタです。ファイル名は引数に取れないので、< でファイルを標準入力につなぎます。CR は \r、LF は \n と書きます。
Windows形式の改行は CR+LF の2文字、Unix形式は LF の1文字です。od -c unix.txt で中身を1文字ずつ表示すると、\r が消えていることを確認できます。sed 's/\r$//' windows.txt でも同じ結果になります。