ホームディレクトリの app.conf の port の値を 8080 から 9090 に書き換えて保存してください。ほかの行は変更しないでください。エディタは vi でも、ほかの方法でもかまいません。
vi での操作手順です。
vi app.conf
j で port=8080 の行に移動します。$ で行末へ移り、x を4回押して 8080 を消します(または cw で単語を置き換え)。i で入力モードに入り、9090 と打ち、Esc で戻ります。:wq と入力して Enter を押し、保存して終了します。vi には、コマンドモード(移動・削除など)、入力モード(i a o で入る)、: で始まる ex モードの3つの状態があります。Esc でコマンドモードに戻ります。保存せずに終了するのは :q!、保存のみは :w、保存して終了は :wq か ZZ です。
主なコマンドは、dd(行の削除)、yy(行のコピー)、p(貼り付け)、u(元に戻す)、/語 と n(検索)です。:%s/8080/9090/ で、ファイル全体の置換もできます。このような置換を自動で行いたいときは、sed -i 's/8080/9090/' app.conf のように sed が便利です。