ls /home/user/docs /home/user/missing を実行し、通常の出力だけをホームディレクトリの out.txt に、エラーメッセージだけを err.txt に保存してください。(missing というディレクトリは存在しません。)
ls /home/user/docs /home/user/missing > out.txt 2> err.txt
コマンドには、通常の出力用の「標準出力」(番号 1)と、エラーメッセージ用の「標準エラー出力」(番号 2)があります。> は標準出力、2> は標準エラー出力をファイルに向けます。2つを別々に指定すれば、出力を分けて保存できます。
2>&1 は「標準エラー出力を、標準出力と同じ行き先にする」という意味で、> out.txt 2>&1 と書くと両方が out.txt に入ります。順番が大事で、2>&1 > out.txt では、エラーは画面に出たままになります。不要なエラーは 2>/dev/null で捨てられ、bash では &> file で両方をまとめてファイルに書けます。